2009年，三峽工程轉入以運行為主的新階段。上半年，樞紐運行情況良好，水庫運行總體平穩，電站發電量和船閘通航量持續增長。

　　上半年，三峽大壩壩址來水總體偏枯，累計來水1260億立方米，比多年平均值偏枯3.6%。根據國家防總批準的水庫消落方案，三峽水庫于6月上旬平穩消落至防洪汛限水位145米，整個消落過程平穩、安全，庫區沿岸沒有發生大的地震、地質災害及水華現象。

　　三峽電站26臺機組于6月30日首次實現全部同時并網發電，最大總出力達到1700萬千瓦，創下三峽電站出力新高。上半年，三峽電站累計發電322.3億千瓦時，比去年同期多發47.15億千瓦時；葛洲壩電站發電72.82億千瓦時，比去年同期多發3.99億千瓦時。通過三峽樞紐貨運量達到3234萬噸，比上年同期增長4.6%，其中：通過船閘貨物2620萬噸，比上年同期增長11.6%。

　　上半年，三峽右岸地下電站4臺機組進入蝸殼吊裝階段，其他2臺機組正在進行基礎環吊裝和錐管混凝土澆筑，機電設備安裝與調試工程招標完成；升船機塔柱混凝土施工正式開始，各項技術準備有序進行。地下電站施工質量繼續保持在優良水平，工程建設實現了“零質量事故，零安全事故”的“雙零”目標。