3月11日，日本發生里氏9級地震，成田、羽田、仙臺機場相繼關閉，南方航空公司航班運行嚴重受阻。13日起，除仙臺機場外，飛日本航班全部恢復正常。

　　日本強震海嘯發生后，南航快速啟動應急響應機制，全力保證飛行和旅客安全。股份總飛行師章正榮坐鎮指揮，緊急部署日本地震對航班影響的處置措施和應急方案。總值班經理、SOC、飛行、客艙、保衛、營銷、地服、貨運等部門快速響應，積極應對。

　　地震發生當日，東京成田、羽田機場關閉，SOC指揮廣州飛往東京的CZ385航班前往大阪備降，航班于15：27平安落地。在做出航班直接返回廣州的決定后，立即通知大阪辦事處妥善處置旅客，竭力滿足旅客意愿，最后搭載希望隨機返回的48名旅客，于23：05安全抵達廣州。東京辦事處為近200名旅客送毛毯，飲用水和食品，穩定旅客情緒。

　　為保證旅客安全，南航決定取消12日國內往返東京的2個航班，暫停銷售13日前往東京的機票，對前往東京的旅客提供簽轉大阪的便利。因仙臺機場受災嚴重，決定取消3月份長春-仙臺-長春6個航班。通過新聞媒體向廣大旅客通報航班變更信息。據統計，截止14日上午09:00，南航飛日航班備降1班，取消8班。

　　受地震影響，11日搭乘南航班機的201名旅客滯留東京成田機場。12日，東京成田機場開放運行。南航決定12日廣州-大阪-廣州的航班，回程加降東京。SOC立即通知東京、大阪辦事處，要求向大阪的旅客做好解釋說服工作。東京、大阪、總部三方聯動，通力協同，19：44航班在東京起飛，于13凌晨00：15抵達廣州。加上157名從大阪登機的旅客，共計358名旅客平安抵達廣州。其中，滯留東京機場的201名旅客，中國旅客140名，外國旅客61名。

　　今日上午9時,除仙臺機場依然關閉外，東京、大阪、名古屋、札幌、新瀉等機場運行正常，南航飛往日本的11個航班，全面恢復正常運行。目前，南航仍在對日本震區情況進行全程跟蹤，與駐日辦事處保持不間斷聯系，密切關注震災變化對航班運行的影響，充分做好了應對余震等突發情況的準備。對鄰近日本福島核輻射區的新瀉機場，進行重點關注，選擇合理備降機場，與飛行機組保持不間斷的聯系，提供一切可能的地面協助，保證航班得以全面順利執行。

　　南航已確認日本地區所有員工人身和財務均安全，并向駐外員工家屬報平安 。目前，南航日本辦事處的員工仍以樂觀積極的態度堅守在工作崗位。由于今日南航飛往東京的航班備降在大阪，當地辦事處正在盡全力為旅客提供服務。