兩岸三通協議的簽署為民航業的發展提供了新的契機。12月4日，南航兩岸常態化直航包機班期和時刻已經確定，按照部署，南航兩岸平日客運、貨運包機將從2008年12月15日起正式啟動。

　　從12月15日開始，南航廣州、上海飛臺北的客運航班分別由每周兩班增至四班。另外新增深圳作為航點，每周安排兩個航班往返于深圳、臺北。同時，南航將繼續選派A320、A321及B738等優良機型執行臺灣包機任務，包機設有公務艙和經濟艙供旅客選擇，未來執飛兩岸直航包機的機型還將隨著客源情況的變化而做出相應調整。

　　南航廣州往返臺北常態化直航包機航班將于每周一、三、五、七，CZ3097上午11：30由廣州起飛，13：30到達臺北桃園機場；每周一、三、五、七，CZ3098下午14：30由臺北桃園機場起飛，16：30到達廣州。

　　南航上海往返臺北常態化直航包機航班將于每周一、三，CZ3095中午12：10由上海浦東機場起飛，15：00到達臺北松山機場；每周一、三，CZ3096下午16：00由臺北松山機場出發，18：50到達上海浦東機場；每周五、七，CZ3095上午11：10由上海浦東機場出發，14：00到達臺北松山機場；每周五、七，CZ3096下午15：00由臺北松山機場出發，17：50到達上海浦東機場。

　　南航深圳往返臺北常態化直航包機航班將于每周四、六，CZ3087上午11：30由深圳出發，13：10到達臺北桃園機場；每周四、六，CZ3088下午14：10由臺北桃園機場出發，16：00到達深圳。作為南航新增的航點，首班深圳至臺北的常態化包機將被安排在12月18日執行。南航還利用自身航線網絡優勢，為出行臺灣的旅客推出“廣深一體化”服務，乘坐南航直飛臺灣航班，不論廣州始發還是深圳始發，旅客將以一樣的價格享受同樣尊貴的服務；另外，南航還即將推出“廣深一票通”，廣州始發到臺灣機票可用于深圳始發到臺灣的的航程。同樣，深圳始發到臺灣的機票也可用于廣州始發到臺灣的航程，允許旅客購票后根據自身情況更改始發地。

　　南航貨運直航包機方面，根據《海峽兩岸空運協議》以及海峽兩岸常態包機大陸公司客貨運分配方案，南航每月可執行10班廣州至臺灣的貨運包機航班（今年12月份安排5班），南航計劃于12月15日起與華航采取廣州至臺北對飛的方式合作開展貨運包機業務。據了解，南航將成為國內首家執行臺灣貨運包機的航空公司。