馬尾港作為對臺小額貿易首批試點口岸，放開對臺小額貿易臺灣船舶噸位和交易金額的限制，并提供一系列便利措施，為臺商在大陸投資辦廠獲得急需配件、生產性原輔材料及個人生活用品等貨物搭建起一條海上快運通道。同時，新對臺貿易碼頭成立了全國唯一的中國郵政對臺水陸路郵件監管中心，為兩岸通郵提供便利。