一是確立“科技興院”理念，制訂科技發展戰略、三年科技創新發展實施綱要、知識產權發展戰略、“251”人才培養工程計劃。

　　二是成立總院研發中心，建設浦江鎮研發基地，圍繞行業前沿進行創新研發、試驗驗證和新產品、新技術攻關；承擔了一系列國家和上海中長期科技創新計劃相關科研項目，形成了曝氣生物濾池、高效沉淀、車流仿真等多項核心技術。

　　三是在重大工程中加強創新，提高工程品質和技術含量。上海長江大橋工程圍繞橋梁建養科技攻關，形成公路軌交合建等5項創新技術。

　　四是在工程設計中注重節能減排、可持續發展。自主研發的“雙污泥處理系統”技術可為污水處理廠節能30%以上；采用集約化組團式設計白龍港污水處理廠升級改造擴建工程，節省用地20%、工程造價10%。

　　五是制定專利工作管理辦法、科技成果轉化項目獎勵辦法，鼓勵科研、設計人員申請專利、轉化創新成果，目前全院已累積專利200余項。