南通港口集團強化制度運行監督機制，圍繞《南通港口集團有限公司規章管理制度（試行）》出臺了涉及重大決策、管理體制、組織機構、職責及工作規則等一系列規章制度，形成生產管理、營銷管理、財務報告、現金管理、銀行貸款、成本管理、在建工程管理等九大流程制度體系，建立健全與流程和制度相配套的領導機制及工作機制，明確主管領導、職能部門及相關人員的職責權限，建立互控、責任追究和定期檢查監督制度；完善集團公司對外投資管理制度、合同管理制度、信用風險控制等相關制度的監督體系，通過規范制度運行，有效地壓縮了以往制度中的彈性空間，濾清了企廉工作的源頭之水。如《財務審批制度》中，對各項財務費用審批要求作了細化，其中涉及基建、技改、工程承包、建筑材料采購、外包勞務等方面的經濟合同的審批權都明確了權限。例如，對超過10萬元的采購項目要求必須采取合同招標方式，由采購、技術、財務、監察審計等部門參加的招標小組具體實施，形成各負其責、相互制約的機制。2007年，開展基建項目竣工決算審計13項，送審金額3億元，核減金額3000余萬元；各項采購招標50余項，全年采購及修理費用比2006年下降1100萬元，大大節約了經營成本，最大程度地維護了集團的利益。